Бомбардировщики стояли на вооружении 1006-го тяжёлого бомбардировочного авиаполка, который базировался на авиабазе Узин. Авиабаза прекратила своё существование в 1998 году после того как правительство Украины приняло решение уничтожить Ту-95МС, а самолёты-заправщики Ил-78 переоборудовать для грузовых коммерческих перевозок.
В 1999—2000 годах, в соответствии с межправительственным соглашением, Украина передала России 8 Ту-160, 3 Ту-95МС и 581 крылатую ракету Х-55 в уплату украинского долга за поставленный природный газ на сумму $285 млн.
Три Ту-95МС (б/н, 31 и 95) были переоборудованы в самолёты-разведчики и поставлены на хранение возле НАРП (Николаевского авиаремонтного предприятия). В 2013 году два самолёта-разведчика были проданы на металлолом, а 4 двигателя НК-12 МБ от них пытались продать в Россию в 2015 году.
