Sekitar tahun 1614, penguasa jepang Tokugawa Ieyasu, merasakan kekhawatiran akan keberadaan para shinobi. Hal yang ditakutkan adalah, para shinobi ini digunakan oleh pihak tertentu untuk melakukan pemberontakan, maka siasat pun dibentuk untuk melenyapkan para shinobi ini.
Saat itu terdapat dua clan shinobi terkuat, dimana keduanya tinggal di dua desa tersembunyi yang berbeda. Clan pertama adalah clan Iga dari desa Tsubagakure dan yang kedua adalah clan Kouga dari desa Manjidani. Kedua clan ini sudah berumur 400 tahun dan keduanya selalu berada di pihak yang berseberangan.
Dengan dalih memberikan misi dengan kehormatan tertinggi untuk kedua desa, dua clan ini pun diangkat kembali perseteruannya, yaitu setiap clan masing-masing harus memilih 5 prajurit terbaiknya untuk diadu satu sama lain. Mereka pun harus bertarung hingga mati.
Maka masing-masing clan kemudian memilih shinobi terbaik mereka. Wakil dari clan Iga adalah Yakushiji Tenzen dengan kemampuan healing, terdapat makhluk seperti cacing dalam tubuhnya yang mambuat luka sepperti apapun bisa sembuh), Yashamaru (dari balik bajunya bisa mengeluarkan semacam benang halus yang dapat ia kendalikan untuk menyerang lawannya), Mino Nenki (memiliki kekuatan dan kecepatan seperti hewan), Hotarubi (dapat mengeluarkan kupu-kupu). Mereka berempat dipimpin oleh Oboro, wanita yang memiliki kekuatan mata penghancur, dengan tatapannya bisa merusak syaraf dan mematikan lawannya.
Wakil dari clan Kouga adalah, Muroga Hyoma (memiliki keahlian meramal), Chikuma Koshiro (ahli dalam menggunakan kunai dan senjata ninja lainnya), Kagerou (perempuan cantik yang memiliki berbagai racun mematikan dalam tubuhnya), Kisaragi Saemon (memiliki kemampuan metamorph ke bentuk lain hanya dengan menyentuh targetnya). Mereka dipimpin oleh Gennosuke (bila kemampuan pada matanya di aktifkan, semua pergerakan di sekelilingnya menjadi sangat lambat, mirip kemampuan Sharingan clan Uchiha di komik Naruto).
Oboro dari clan Iga ternyata menjalin kasih dengan Gennosuke dari clan Kouga. Saat konflik diantara kedua belah pihak merebak, Gennosuke menolak untuk bertarung dengan clan Iga, ia memutuskan untuk pergi ke kastil Sumpu untuk meminta kejelasan dari sang kaisar, tujuan dari pertarungan ini.. Saat perjalan menuju kastil Sumpu, para shinobi yang lain tidak dapat meredam keinginan untuk membunuh satu sama lain, pertarungan mematikan pun tak terelakkan.
Di akhir film hanya tersisa oboro yang selamat, ia mengorbankan matanya untuk meyakinkan Tokugawa agar mengampuni para shinobi lain yang ada di kedua desa.
Selamat Menyaksikan, jangan lupa subscribe ya,,
