הגילוי המקרי והמסעיר של מקדש שהתקיים ופעל לכל אורך ימי הבית הראשון, במרחק של שבעה קילומטרים בסך הכל מירושלים, מאפשר חלון הצצה ייחודי וחד פעמי, לפחות נכון לעכשיו, על הדרך שבה פעלו והתפתחו מקדשים באלף הראשון לפנה"ס, ממש במקביל למקדש, שלפי התיאור המקראי התקיים, פעל והתפתח, באותו פרק זמן בדיוק, בבירתה של ממלכת יהודה. המעקב אחרי תהליכי השינוי וההתפתחות במקדש מוצא לאורך מאות שנות פעילותו מאפשר נקודת השוואה ארכאולוגית אפשרית לתהליכי התפתחותו של המקדש בירושלים, עליו יש מידע רק מהתיאורים במקרא. יותר מכך, המחקר הארכאולוגי של מקדש מוצא מאפשר גם לחקור מה היו היחסים בין שתי הקהילות שחיו סביב שני המקדשים: הקהילה שחיה בעמק מוצא ושהמקדש במוצא היה אתר הפולחן המרכזי שלה, והקהילה הסמוכה שחיה בירושלים ובסביבתה הקרובה, ושמקדש שלמה, שנבנה בפסגת הר הבית, היה אתר הפולחן המרכזי שלה.
