Il Museo delle Navi Antiche di Pisa è un museo archeologico di Pisa.
L'esposizione si svolge all'interno delle sale e delle campate degli Arsenali medicei ed è articolata in otto sezioni. Espone le navi antiche e i reperti scoperte nel 1998.
Nel dicembre del 1998 durante i lavori per la costruzione di un edificio che avrebbe dovuto ospitare la sede del nuovo Sistema di Comando e Controllo (SSC) presso la stazione di Pisa San Rossore iniziarono a emergere dagli scavi sotterranei tracce di materiale archeologico.
La scoperta si rivelò presto ben più importante del previsto, trattandosi di un sito di eccezionale importanza. Inizialmente si riteneva si trattasse di uno scalo portuale, ma ben presto si è identificata la vera natura del deposito: si tratta del punto di incrocio di un canale della centuriazione pisana con il corso del fiume Serchio (l'antico "Auser"), dove, a seguito di una serie di disastrose alluvioni (ne sono state identificate almeno nove, dal II secolo a.C. al VII secolo d.C.), sono affondate almeno trenta imbarcazioni.
Le imbarcazioni, tra navi da trasporto e barche fluviali, sono risultate essere perfettamente conservate, grazie alla particolare situazione di completa mancanza di ossigeno e la presenza di falde sotterranee. Ci sono così potuti pervenire una grande quantità di materiali solitamente deperibili, quali legno, cordami, cesterie, attrezzi da pesca e utensili. Inoltre si è recuperato buona parte del carico di queste navi contenuto in anfore e vasi. Dagli studi approfonditi si è potuti risalire anche a valide ipotesi sull'area di provenienza delle navi, che sarebbero giunte da varie parti del Mediterraneo: Gallia, Campania, Adriatico, ecc.
La scoperta eccezionale ha fatto parlare di una Pompei in versione marittima. Il cantiere, data la grande complessità della situazione stratigrafica, è stato reso stabile e trasformato in un cantiere scuola, dove gli scavi sono proseguiti sistematicamente per almeno dieci anni. Le imbarcazioni sono state restaurate presso il Centro di Restauro del Legno Bagnato, realizzato presso il Cantiere.
Il cantiere di scavo e il laboratorio di restauro sono stati visitabili su appuntamento e in particolari occasioni per tutta la durata dei lavori. Infine il museo è stato aperto definitivamente al pubblico in occasione della festa di San Ranieri del 2019.

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