Setelah melakukan pemeliharaan selama 4-6 bulan, atau setelah ukuran panen yang diinginkan/ukuran pasar tercapai, ikan dipanen. Ukuran panen tersebut berkisar antara 150-300 gram per ekor. Pengelolaan pemanenan bandeng pada dasarnya ditujukan untuk :
1. Menangkap seluruh ikan dalam waktu yang relatif singkat
2. Mendapatkan hasil panen dalam keadaan mati segar serta tidak banyak mengalami kerusakan fisik, seperti memar-memar, sisik lepas dan kotor/berlumpur. Kesegaran ikan dapat dilihat dari penempilan ikan yang tidak terlalu jauh beda dri ikan yang masi hidup, serta badannya lemas tidak kaku.
Untuk mencapai keadaan diatas ada beberapa hal yang perlu diperhatikan sehubungan dengan pemanenan ini, yakni menetapkan saat panen yang tepat, mempersiapkan bahan dan peralatan yang dibutuhkan, cara melaksanakan pemanenan dan menangani hasil panen yang baik.
Pertumbuhan ikan bandeng pada satu tempat bisa berbeda dengan tempat lain bergantung pada kesuburan tambaknya. Oleh karena itu saat panen yang tepat, sebaiknya ditetapkan setelah diketahui ukuran yang dikehendaki tercapai. Untuk itu sebelumnya perlu dilakukan pemantauan pertumbuhan ikan bandeng dengan melakukan pengecekan ukuran/berat bandeng. Caranya adalah pada saat mendekati waktu panen, sejumlah ikan tertentu, misalnya 20 ekor, ditangkap dengan menggunakan jala atau jaring, di beberapa tempat. Kemudian ditimbang dan dihitung berat rata-ratanya. Jika berat rata-ratanya sudah sesuai dengan ukuran yang diinginkan maka pemanenan sudah bisa dilaksanakan, tetapi jika tidak maka masa pemeliharaan harus ditambah.
Waktu pelaksanaan panen bandeng yang tepat adalah pagi atau sore hari suhu air di dalam tambak rendah sehingga ikan bandeng tidak stress. Sebelum pemanenan dijalankan terlebih dahulu disiapkan bahan dan alat yang dperlukan selama pemanenan dan selama penanganan hasil. Cara pemanenan ada 2 macam yakni pemanenan penjarangan dan pemanenen total.
