Perteneciente a la comunidad autónoma de Castilla-La Mancha. Además, es cabeza del partido judicial de su mismo nombre y también es la capital y centro económico de la comarca del Señorío de Molina-Alto Tajo.

Como en gran parte del este de la provincia de Guadalajara, los suelos predominantes son los del Mesozóico, principalmente los jurásicos y triásicos. La localidad se halla sobre un terreno de dolomías jurásicas y arcillas versicolores triásicas. El cauce del río Gallo a la altura de su paso por la localidad está formado de calizas dolomíticas y margas de origen cretácico.

El río Gallo, afluente por la margen derecha del río Tajo, atraviesa la localidad.

Molina de Aragón goza de un clima frío en un contexto ibérico con un importante grado de continentalidad. De acuerdo a los valores de la tabla a continuación, el clima de Molina de Aragón se etiqueta como Cfb en la clasificación climática de Köppen modificada. Los inviernos son en cualquier caso bastante fríos y rigurosos, con un promedio de 44 noches por debajo de -5 °C y una media anual de 122 noches con helada. Los veranos son agradables y en promedio la máxima diaria sólo rebasa la barrera de los 30 °C 40 días al año.

Durante el periodo califal la zona, debió estar muy poco habitada, principalmente sus habitaPosteriormente, con la desintegración del califato, se formó un pequeño reino de taifa, mencionado en el cantar épico del Mío Cid. Durante la Reconquista fue tomada por el rey aragonés Alfonso I el Batallador en 1128.13​ ​ El heredero de Alfonso I, su hermano Ramiro II, optó por ceder a Castilla las tierras correspondientes al señorío de Molina. La repoblación la hizo pues la Corona de Castilla, por estar situada al oeste del Sistema Ibérico; posteriormente la zona retornó a manos musulmanas, concretamente almorávides.ntes habrían sido bereberes arabizados según Menéndez Pidal.

Durante la Guerra de Independencia, el comportamiento de resistencia de los habitantes a las tropas napoleónicas, motivó que éstas, en represalia, incendiaron la villa. En reconocimiento, las Cortes le concedieron el título de "Muy Noble y Muy Leal Ciudad".

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