محمد خاتمی در دومین دوره ریاست جمهوری خود، کوشید تا اختیارات رئیس جمهور را در مقایسه با نهادهای زیر نظر رهبری افزایش بدهد و قدرت شورای نگهبان را محدود کند. خاتمی به این منظور، در سال ۱۳۸۱ دو لایحه "اصلاح قانون انتخابات" و "تبیین اختیارات رئیس جمهور" را به مجلس اصلاح طلب ششم ارائه کرد که به تصویب رسیدند. با وجود این، شورای نگهبان، که زیر نظر رهبری قرار داشت، هر دو لایحه را رد کرد. با پافشاری مجلس بر لوایح دوگانه، این دو لایحه باید برای تعیین تکلیف نهایی به مجمع تشخیص مصلحت نظام فرستاده می شدند که از دیگر نهادهای زیر نظر رهبری بود. اما محمد خاتمی که مایل نبود لوایح مورد نظر او در مجمع تشخیص دچار تغییرات ناخواسته شوند، در سال ۱۳۸۳ هر دوی آنها را از مجلس پس گرفت.
