Josef Mengele nació el 16 de marzo de 1911 en la ciudad bávara de Günzburg, entonces parte del Imperio Alemán. El joven Josef, hijo mayor de Karl Mengele, un próspero fabricante de maquinaria agrícola, estudió medicina y antropología física en varias universidades. En 1935 se doctoró en esta última materia, antropología física, por la Universidad de Munich y en 1936 aprobó los exámenes estatales de medicina.
En 1937, Mengele empezó a trabajar en el Instituto de Biología Hereditaria e Higiene Racial de Frankfurt. Allí fue ayudante del director, el Dr. Otmar von Verschuer, un destacado genetista conocido por sus investigaciones sobre gemelos. Bajo la dirección de Verschuer, Mengele completó un doctorado adicional en 1938.
Mengele no apoyó activamente al Partido Nazi antes de que llegara al poder en enero de 1933.
Sin embargo, durante sus estudios universitarios, al igual que el Partido Nazi, Mengele abrazó la ciencia racial, la falsa teoría del racismo biológico. Creía que los alemanes eran biológicamente diferentes y superiores a los miembros de todas las demás razas. La ciencia racial era un principio fundamental de la ideología nazi que Hitler utilizó para justificar la esterilización forzosa de personas con ciertas enfermedades físicas o mentales o deformidades físicas. Las leyes raciales de Núremberg de 1935, que prohibían el matrimonio entre alemanes y judíos, negros o romaníes, también se basaban en la ciencia racial.
En 1938, Mengele se unió al Partido Nazi y a las SS. En su trabajo como científico, trató de apoyar el objetivo nazi de mantener y aumentar la supuesta superioridad de la "raza" alemana. El empleador y mentor de Mengele, el doctor Verschuer, también abrazó el racismo biológico. Además de llevar a cabo investigaciones, Verschuer y su personal -incluido Mengele- proporcionaron dictámenes periciales a las autoridades nazis que tenían que determinar si las personas reunían los requisitos para ser consideradas alemanas según las Leyes de Núremberg. Mengele y sus colegas también evaluaron a los alemanes cuyo estado físico o mental podía hacerlos candidatos a la esterilización forzosa o a la prohibición de contraer matrimonio en virtud de la legislación germana.
El único hijo de Mengele, Rolf, nació en 1944. Antes, en 1939, se casó con Irene Schönbein. La Segunda Guerra Mundial comenzó el 1 de septiembre de ese mismo año, cuando la Alemania nazi invadió Polonia.
En junio de 1940, Mengele fue reclutado por la Wehrmacht, las fuerzas armadas alemanas. Un mes más tarde, se alistó como voluntario en el servicio médico de las Waffen-SS, la rama militar de las SS. Al principio, Mengele trabajó para la Oficina Principal de Raza y Asentamiento de las SS en la Polonia ocupada por Alemania, donde evaluó los criterios y métodos utilizados por las SS para determinar si las personas que decían ser de ascendencia bávara eran racial y físicamente aptas para ser consideradas alemanas.
La Operación Barbarroja -la invasión de la Unión Soviética- comenzó el 22 de junio de 1941.
Durante los 18 meses siguientes a su inicio, presenció combates extremadamente brutales en el frente oriental. Además, en las primeras semanas del ataque alemán a la Unión Soviética, la división de Mengele masacró a miles de civiles judíos.
Después de que el doctor rescatara a dos soldados alemanes de un tanque en llamas, fue condecorado con la Cruz de Hierro, tanto de 2ª como de 1ª clase, y fue ascendido a SS-Hauptsturmführer, que equivalía al rango de capitán de las SS.
Mengele regresó a Alemania en enero de 1943. Mientras esperaba su próximo destino en las Waffen-SS, comenzó a trabajar de nuevo para su mentor Verschuer. Este se había convertido recientemente en director del Instituto Kaiser Wilhelm de Antropología, Genética Humana y Eugenesia de Berlín.
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