FASTA, FASTQ, BAM, VCF, & BED on the command line.
Also see my video on command-line basics: Introduction to bash for data analysis: [ Ссылка ].
Get samtools: [ Ссылка ]
Get bedtools: [ Ссылка ]
Good blog post on CRAM nuances: [ Ссылка ]
Ещё видео!