Hrvatska je 1991. godine napadnuta od strane Srbije, koja je instrumentalizirala većinu srpskoga pučanstva u Republici Hrvatskoj i Jugoslavensku narodnu armiju s ciljem stvaranja Velike Srbije, koja bi u maksimalističkim planovima zauzimala preko 70%, a u minimalističkim 26% hrvatskog teritorija. U velikosrpskoj ideologiji cijela Slavonija, Podravina, Banovina, Lika i Dalmacija bile bi, uz cjelokupno područje BiH, priključene Srbiji i Crnoj Gori.
Dr-Franjo-Tudjman-1996-2.png
Rat je Tuđman, po ocjenama većine sudionika i promatrača, vodio briljantno (u tom se pogledu slažu, među ostalima, David Owen, Richard Holbrooke, Misha Glenny, Veljko Kadijević, Borislav Jović, Radovan Radinović, Davor Domazet, Janko Bobetko, Zvonimir Červenko, Davor Marijan i Mate Granić). S druge strane, general Martin Špegelj smatrao je da Tuđman precjenjuje snagu JNA, te da je izvršio nepotrebnu agresiju na Bosnu i Hercegovinu otvarajući novi front s Bošnjacima, a negativno su njegovo vodstvo ocijenili i Ivo Banac, Ozren Žunec te sadašnji (2005.) predsjednik Stjepan Mesić koji se s Tuđmanom, po vlastitom tvrđenju, razišao radi Tuđmanove politke prema BiH, i to 1994., kad je oružani sukob Hrvata i Bošnjaka, prijašnjih Muslimana, već bio okončan. Otežući i sklapajući primirja, Tuđman je gradio hrvatsku vojnu snagu i stvarao uvjete za veće vojne operacije, te konačno pokrenuo udar koji je slomio srpsku paradržavu u Hrvatskoj, tzv. Republiku Srpsku Krajinu. Možda je najbolje priznanje izjava protivničkoga generala, ministra obrane Veljka Kadijevića, da im je Tuđman slomio koncepciju sa svojih 20 primirja jer im nije dozvolio da se razmašu, a mješavinom neprestanih pregovora i ratnih operacija doveo je do raslojavanja JNA koja nije mogla iskoristiti svoju golemu prednost u naoružanju.
Nakon pobjede u ratu (Operacija Oluja 1995.), te Daytonskoga sporazuma kojim je okončan rat u Bosni i Hercegovini, preostalo je jedino mirno inkorporiranje istočne Slavonije (Baranja i Vukovarsko-Srijemsko područje), što se dogodilo 1997. Tuđman je vodio politiku mira, snažno se protiveći koncepcijama integracije Hrvatske u nove jugoslavenske okvire pod imenom "Zapadnog Balkana".
Posljednji Tuđmanov međunarodni nastup bio je 28. listopada 1999. godine tijekom posjeta u Rimu kod pape Ivana Pavla II.[3]
Franjo Tuđman umro je od komplikacija izazvanih unutarnjim krvarenjem u Zagrebu na KBC Dubravi, 10. prosinca 1999. godine.
