Omar Bongo a eu 33 femmes et aurait reconnu 53 ou 54 enfants, même s'il n'aurait été marié que deux fois civilement, avec Marie-Joséphine Kama et Édith Sassou Nguesso.
Son premier enfant connu, Pascaline Bongo Ondimba (1956-) est le fruit d'une idylle avec Louise Mouyabi Moukala, fille d'un ancien chauffeur du général de Gaulle, Mouyabi Moukala, alors que le jeune Albert (Omar après sa conversion à l'islam) n'a que 19 ans et est un employé de poste. Diplômée de l'École nationale d'administration française, Pascaline Bongo Ondimba est sa directrice de cabinet et épouse de Paul Toungui, ministre d’État chargé des Affaires étrangères. Ses fréquents déplacements à Paris et à New York lui valent d'être considérée comme la « gestionnaire de la fortune paternelle ». Elle est également l'ancienne compagne de Jean Ping, candidat à l'élection présidentielle de 2016, avec qui il a deux enfants54.
En octobre 1959, il épouse Marie-Joséphine Kama (plus connue sous son nom d'artiste Patience Dabany), une chanteuse âgée de quinze ans qui lui donnera deux enfants : Ali Bongo (1959-) et Albertine Amissa Bongo (1961–1993). Ali Bongo, a été ministre de la Défense du Gabon de 1999 à 2009 et a succédé à son père à la présidence de la République en 2009.
Juste après son divorce avec Patience Dabany, il entame une idylle avec Chantal Myboto, la fille de Zacharie Myboto, membre du gouvernement de 1978 à 2001. Bien qu'ils ne se soient jamais mariés, ils ont eu une fille, Onaïda Maïsha Bongo Ondimba, en décembre 1990. Chantal Myboto se mariera avec Paul-Marie Gondjout, une figure de l'opposition.
Il se marie religieusement en 1987 avec la ressortissante mauricienne Zainab Peeroo, alors âgée de 17 ans, dont la tante travaillait au palais présidentiel et avec laquelle il a eu deux fils, Ahmed et Yusuf Ali Bongo (nés vers 1991 et 1993).
Le 4 août 1990, Omar Bongo a épousé Édith Sassou Nguesso, la fille aînée du président congolais Denis Sassou Nguesso. De cette union naquirent deux enfants : Yacine Queenie Bongo Ondimba (1991) et Omar Denis Junior Bongo Ondimba (1994)
Il a eu deux enfants avec sa maîtresse Marie-Madeleine Mborantsuo, qu'il a nommée à la tête de la Cour constitutionnelle, dont l'un est Fabrice Andjoua.
Parmi les autres enfants, on compte :
Anicet et Christian Bongo (1967), fils de Cécilia Ndjave-Ndjoy (née Otouma Dabany), la sœur de sa première femme Marie-Joséphine Kama.
Flore Bongo, l’une des filles d’Omar Bongo et d’Antoinette Diop, sœur de Mamadou Diop, qui a été secrétaire général de la Présidence de la République gabonaise ; le riche entrepreneur Edouard Valentin, le père de la femme d'Ali Bongo, Sylvia Valentin, se serait remarié avec Flore Bongo (faisant de lui à la fois le beau-père et le beau-frère d'Ali Bongo).
Hermine Diop Bongo, DG de la compagnie aérienne Nouvelle Air Affaires Gabon
Alex-Bernard Doliveira Bongo, secrétaire général de Gabon Telecom, Albert-Fabrice, Frédéric, Landry Mandji Bongo, Arthur (ancien pilote de l'avion présidentiel), Alfred
Audrey, Jeff, Grâce, Nadine et Betty sont des enfants adoptés
Annick Onkonkwo
Agathe est née le 6 janvier 2009 d'Annie Chrystele Limbourg52, secrétaire général adjoint du conseil des ministres pendant 16 ans
Il a également eu des enfants avec Gisèle Moubelet, sœur du ministre Pacôme Moubelet Boubeya, ou encore Denise Massard, sœur du ministre Étienne Massard.
Edith-Lucie Sassou Nguesso avait épousé, en 1990, Omar Bongo Ondimba, devenant ainsi Mme Edith-Lucie Bongo Ondimba. Elle a eu deux enfants Yacine Queenie et Omar Denis Bongo Ondimba avec le président Gabonais.

Ex Femme de Omar Bongo: Édith Lucie Bongo Ondimba (10 mars 1964 – 14 mars 2009) a été la Première Dame du Gabon en tant qu’épouse du président Omar Bongo de 1989 à 2009. Le chef d’État le plus ancien d’Afrique est décédé après une longue maladie au Maroc à l’âge de 45 ans, a annoncé la présidence. Elle n’a pas précisé la nature de sa maladie.
Edith Lucie Bongo Ondimba, la fille aînée du président Denis Sassou Nguessou du Congo, est décédée à 1620 GMT à Rabat, au Maroc, où elle était sous traitement depuis plusieurs mois. Son mariage avec le président Bongo, le 4 août 1989, aurait été considéré politiquement comme un exemple de coopération entre les deux pays.

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