Câu chuyện của trò chơi bắt đầu ngay sau khi F.E.A.R Frist Encouter Assault Recon kết thúc, chiếc trực thăng chở Point Man, Douglas Holiday và Jin Sun-Kwon bị mất điện và rơi. Khi thành phố bị bỏ hoang sau vụ nổ của cơ sở Origin, bộ ba bắt đầu cố gắng đến một điểm tập kết . Tách khỏi Holiday và Jin, Point Man bị sốc khi biết Paxton Fettel vẫn còn sống và các bản sao đã được hồi sinh. Trên đường đến điểm tập kết, Point Man một lần nữa bắt đầu gặp Alma Wade . Tuy nhiên, hành vi của cô ấy có vẻ khác so với trước và dần dần tiết lộ rằng cô ấy có một mục tiêu mới.

свернуть