«Мир-и Араб» было основано в период правления узбекской династии Шибанидов в XVI веке. Это был один из крупных религиозных центров Бухарского ханства. После захвата Бухары Красной Армией в 1920 году, медресе было заброшено, а в конце 1920-х годов закрыто; духовенство репрессировано. Вновь медресе открыли только в 1946 году по инициативе председателя САДУМ шейха Эшона Бабахана ибн Абдулмажидхана, и оно до 1989 года оставалось единственным действующим медресе на территории СССР (кроме периода 1956—1961 годов, когда в Советском Союзе было ещё одно медресе в Ташкенте).
