Pierwsze potwierdzone osadnictwo na terenie dzisiejszej Krynicy Morskiej pochodzą z lat 1258–1282. Mówią one o miejscowości Lipa (Liep), której nazwa pochodziła od granicznego drzewa. Po 1309 roku Zakon Krzyżacki włączył Lipę w skład Komturii Elbląskiej[11].
Pod nazwą Kahlberg pierwszy raz wzmiankowana w dokumencie z 20 sierpnia 1424 elbląskiego komtura (Henryk Hold - 1416-1428) nadającego przywilej lokacyjny dla karczmy Mikołaja Wildenberga, która pełniła ważną rolę na wiodącym przez Mierzeję Wiślaną trakcie handlowym z Gdańska do Królewca. W karczmie nocowali i żywili się kupcy, rycerze i inni wędrowcy zmierzający tędy na Sambię[12].
W okresie polskim (1466–1793) należała do Gdańska, po 1842 przeszła na własność Elbląga[13]. Jeszcze na początku XIX w. osada nie miała większego znaczenia, gdyż mieszkały w niej zaledwie cztery rodziny rybaków (1814 r.). W miejscowej karczmie mieściła się stacja poczty królewskiej wraz z oberżą i stajnią dla koni, przy wiodącej tędy drodze pocztowej z Berlina do Królewca[12].
24 sierpnia 1828 na pokładzie parowca Coppernikus do Krynicy Morskiej przybyli pierwsi turyści z Elbląga. W 1842 uruchomiono połączenia morskie z Elblągiem i Królewcem, 11 lipca 1843 otworzono pierwszy kurort Kahlberg[14]. W 1872 powołano do życia Spółkę Akcyjną Kąpielisko Morskie w Kahlberg, która przyczyniła się do dalszego rozwoju Krynicy Morskiej. Inwestycje, które podejmowała spółka na terenie kurortu, np. budowa lepszych dróg, założenie oświetlenia, wodociągów i kanalizacji zwiększały renomę uzdrowiska[12]. 1 maja 1895 uruchomiono w Krynicy latarnię morską[14]. Zaczęły kursować regularnie statki między Elblągiem i Krynicą Morską, między nimi s/s "Preussen", luksusowy parowiec, mogący zabierać na pokład 1500 pasażerów[12]. Po wojnie pływał pod polską banderą na trasie Szczecin-Świnoujście pod nazwą s/s "Diana"[15].
3 maja 1945 roku z miejscowości wyparto jednostki niemieckie. Dokonały tego oddziały 2 armii gwardyjskiej i 45 armii 3 Frontu Białoruskiego Armii Czerwonej[16].
Miejscowość znacznie rozbudowana po II wojnie światowej. Do końca 1972 roku Łysica należała do powiatu elbląskiego. Do 1954 była wsią w gminie Tolkmicko, w latach 1954–1958 stanowiła gromadę Łysica[17], a od 1959 – już jako Krynica Morska[18] – posiadała status osiedla[19]. 1 stycznia 1973, w następstwie kolejnej reformy gminnej znoszącej gromady i osiedla, Krynica Morska utraciła status osiedla, stając się wsią sołecką w reaktywowanej gminie Sztutowo w powiecie nowodworsko-gdańskim w woj. gdańskim[20][21]. Do funkcji administracyjnych Krynica Morska powróciła dopiero po ponad 18 latach, kiedy to 2 kwietnia 1991 z gminy Sztutowo wyłączono wsie Krynica Morska, Nowa Karczma i Przebrno, tworząc z nich miasto Krynica Morska[22] (obecnie jest to gmina miejska w powiecie nowodworskim w woj. pomorskim).
