Сюжет Arkham City начинается через полтора года после событий Arkham Asylum[2]. Квинси Шарп, бывший надзиратель психиатрической больницы Аркхэм, заработал огромную известность за поимку Джокера и, пользуясь этим, стал мэром Готэма. Так как Аркхэм и тюрьма «Блэкгейт» были не в состоянии содержать заключённых, новый мэр первым своим делом выкупил огромную территорию трущоб Готэма. Он создал там тюрьму под названием «Arkham City», а по периметру этой территории поставил хорошо вооруженный отряд наёмников «Тигр», которым был отдан приказ стрелять на поражение при попытке побега. Заключенные, прибывшие в «Аркхэм-Сити» предоставлены сами себе, пока не попытаются сбежать. Для осуществления надзора за заключенными Шарп нанял на пост надзирателя психиатра Хьюго Стрэнджа. Многие были недовольны таким развитием событий, в том числе и Брюс Уэйн. Бэтмен постоянно присматривает за новой тюрьмой, опасаясь, что всё может выйти из-под контроля[3] Планы строительства Аркхэм-Сити есть в потайной комнате, соединенной с кабинетом Шарпа в психбольнице Аркхэм[4].
Во время одного из протестов Уэйна похищают наёмники из организации «ТАЙГЕР», которые приводят его прямиком к Стрейнджу, который знает, что Брюс — это Бэтмен, и говорит о том, что теперь он готов запустить нечто под названием «Протокол 10». Брюса ведут мимо взбешённых заключённых. Во время одного такого перехода его оглушают люди Пингвина, у которого личные счёты с Брюсом. В ходе потасовки с Пингвином Уэйну удаётся освободиться от наручников и убежать. Он связывается с Альфредом, который высылает ему всё оборудование. Перехватив радиопередачу о том, что Женщина-кошка захвачена Двуликим, Бэтмен вычисляет его координаты и отправляется в резиденцию Дента — бывшее здание суда.
Прибыв на место, Бэтмен видит, как Двуликий собирается утопить Женщину-кошку в чане с кислотой. Одолев его людей, Бэтмен успевает спасти её и обезвредить Харви. Тёмный Рыцарь пытается узнать у неё что-либо по поводу «Протокола 10», о котором говорил Стрейндж. Их разговор прерывает снайперская пуля, пущенная Джокером, которая едва не убивает Женщину-кошку. Бэтмен сканирует траекторию полёта пули и направляется в колокольню церкви, откуда и был произведён выстрел. Там к нему по телевизору обращается Джокер. Однако колокольня оказывается заминирована, и Бэтмен успевает спастись всего за несколько секунд до взрыва. Он направляется в логово Джокера — сталелитейный завод Sionis Industries. Там его настойчиво пытаются остановить наёмники Джокера и сама Харли Квинн. Бэтмен всё же находит Джокера, который сидит уже при смерти в инвалидном кресле. Внезапно Тёмного Рыцаря оглушают. Джокер, медленно умирающий из-за передозировки «Титаном», заражает Бэтмена, перелив ему свою кровь, чтобы тот нашёл противоядие для них обоих. Однако это ещё не вся беда. Клоун отправил свою заражённую кровь во все больницы Готэма, так что всё население в опасности.
Бэтмен отправляется за Мистером Фризом, который изготовлял лекарство для Джокера, но перестал это делать. Детектив находит его лабораторию в полицейском участке. Расправившись с людьми Пингвина, он узнает что сам Кобблпот держит Фриза в своем штабе — музее естественной истории. Бэтмен проникает в музей и с помощью Фриза достает Пингвина. После этого Кобблпот достает из рукава свой козырь — зомби Соломона Гранди. С трудом одолев его, Темный Рыцарь добивает Пингвина и освобождает Фриза. Сам же Фриз сообщает ему, что лекарства нет. Ему нужен последний ингредиент, который содержится в крови Ра’с аль Гула.
Бэтмен проникает в Лигу убийц, проходит их испытания, сталкивается с самим Ра’с аль Гулом и получает образец крови. Он приносит его Фризу, однако тот не намерен отдавать Бэтмену лекарство, поскольку Фриз думает, что после того, как Бэтмен получит лекарство, он не будет помогать ему найти его жену, Нору похищенную Джокером. Между Мистером Фризом и Бэтменом завязывается бой. Проиграв, Фриз всё-таки собирается отдать лекарство, но его уже похитила Харли Квинн. Бэтмен собирается вернуть лекарство, и для этого проникает на сталелитейный завод, и вступает в схватку с Джокером и его прихвостнями. Бэтмен одерживает победу, но оказывается прижат обломками рухнувшего потолка. Джокер готовится добить его, но его останавливает Талия аль Гул, и предлагает Джокеру источник бессмертия. Бэтмен пытается этому помешать, но из-за удара Джокера теряет сознание. Джокер не знает, что Талия активировала маячок, чтобы их нашёл Бэтмен. Хьюго Стрэндж, узнав где находится Уэйн, отправляет за ним своих людей, но Женщина-кошка их опережает. Она помогает Бэтмену подняться, и говорит, что если он хочет остановить Стрейнджа, ему следует поторопиться.
Ещё видео!