25 Mart 1992'de Türkiye'nin Lüksemburg'u 3-2 yendiği hazırlık maçında ilk kez Türkiye millî futbol takımının formasını giyen Hakan Şükür, Türk millî futbol takımının 85 yıllık tarihinde en fazla gol atan futbolcusudur. 10 Eylül 1997 tarihinde San Marino ile oynanan millî maçta attığı golle millî takımda attığı gol sayısı 22'ye ulaşan Şükür, Lefter Küçükandonyadis'in 21 gollük rekorunu kırarak yeni gol kralı oldu.[48] Millî formayla çıktığı 112 maçta toplam 51 gole imza atmıştır. 1987 yılından beri 112 defa A Millî, 25 defa Ümit Millî, 13 defa A Genç Millî, 6 defa B Genç Millî, 5 defa Olimpik millî takım formasını giyen Hakan Şükür, toplam 161 defa millî takım forması giyerek toplamda en çok millî olan futbolcudur. Hakan Şükür, U-16 millî takımının 25 Ekim 1987'de Polonya ile 1-1 berabere kaldığı Avrupa Futbol Şampiyonası eleme maçında ilk kez millî olmuştur. O karşılaşmada ay yıldızlı ekibin tek golünü atan Hakan Şükür atmıştır.
A Genç Takım'da 1 gol
B Genç Takım'da 2 gol
Ümit millî takımda 5 gol
Olimpik millî takımda 4 gol
A millî takımda da 51 gol atarak toplamda millî takımlar kariyerinde 63 gol atmıştır.
2002 FIFA Dünya Kupası grup eleme maçlarında atmış olduğu 6 gol ve 3 asistiyle Türkiye'nin 48 yıl aradan sonra FIFA Dünya Kupası'na katılmasında başrol oynayan Hakan Şükür'ün, FIFA Dünya Kupası Finalleri'nde Türkiye'nin Güney Kore ile yaptığı üçüncülük maçında, maçın başlama vuruşundan 9 saniye sonra attığı gol, Dünya Kupaları'nda atılan en erken gol olarak tarihe geçmiştir.[71] Hakan Şükür, FIFA Dünya Kupası Finalleri'nde Türkiye adına yaptığı 2 asistle (Hasan Şaş ile birlikte) asist kralı olmuştur. Hakan Şükür'ün FIFA Dünya Kupası Finalleri'nde toplam 1 golü ve 2 asisti bulunmaktadır.
