Sau khi đánh đuổi được nhà Mạc rút lên Cao Bằng, Trịnh Tùng xưng là Bình An Vương, định lệ cấp bổng lộc cho vua Lê chỉ được thu thuế 1.000 xã, cấp cho vua 5.000 lính làm quân túc vệ, 7 con voi và 20 chiếc thuyền rồng. Vua Lê bấy giờ chỉ còn giữ được danh nghĩa, còn thực quyền đều rơi vào tay nhà chúa cả.
Dưới thời Lê Trung hưng, các chúa Trịnh đã tiến hành những đợt xây cất tại kinh thành Thăng Long trong suốt thế kỷ XVII và đầu thế kỷ XVIII. Ngay trong khi tiến quân trở về kinh thành, Trịnh Tùng cho tu sửa Hoàng thành cấp tốc trong vài tháng để đưa vua Lê trở về, lại tiếp sai thợ làm cung điện, xây phủ Chúa Trịnh bề thế trong thành Thăng Long.
Cùng với những hệ quả của việc mở rộng thị thành, sự phát triển của nền kinh tế hàng hóa của Đàng Ngoài về các mặt sản xuất, trao đổi và lưu thông, là một nhân tố quan trọng thúc đẩy sự hứng khởi của Thăng Long trong những thế kỷ XVII, XVIII.
Sự gia tăng sản xuất dẫn đến sự gia tăng trao đổi hàng hóa, thể hiện trong việc mở rộng mạng lưới chợ - phố. Trong thời kỳ này, thương nghiệp là ngành kinh tế phát triển nhất ở Thăng Long. Nhà buôn Baron có cửa hiệu ở Thăng Long khoảng cuối thế kỷ XVII, cũng nói về sông Hồng ở Thăng Long như sau: “Đối với kinh thành, sông này cực kỳ thuận lợi: tất cả các thứ hàng hóa đều đem tới đây, đây là nơi thâu tóm mọi hoạt động trong nước với một số lượng thuyền bè vô tận đi đi lại lại khắp nước để buôn bán".
Giáo sĩ Richard ở thế kỷ XVIII, cũng rất ca ngợi cảnh buôn bán sầm uất trên bến sông Hồng ở kinh thành Thăng Long: “Số lượng thuyền bè lớn lắm, đến nỗi rất khó mà lội được xuống bờ sông: những sông, những bến buôn bán sầm uất nhất của chúng ta (Âu châu), ngay thành phố Vơnidơ (Venise) nữa với tất cả những thuyền lớn thuyền nhỏ của nó cũng không thể đem đến cho người ta được một ý niệm về sự hoạt động buôn bán về dân số trên sông Kẻ Chợ” (Lịch sử Thủ đô Hà Nội, Sđd, tr. 72).
Sự buôn bán ở Thăng Long càng thịnh vượng thì dân số càng tăng, phố phường đông đúc. Từ đầu thế kỷ XVII, ở kinh thành Thăng Long bắt đầu có người phương Tây tới buôn bán: đông nhất là người Hà Lan, người Bồ Đào Nha, người Anh, rồi dần dần người Tây Ban Nha, người Pháp. Từ đầu thế kỷ XVII, những công ty thương mại của người Hà Lan và người Anh đã lập cửa hiệu ở Thăng Long, tại phía bờ sông Hồng (gần cầu Long Biên ngày nay). Các nhà buôn Trung Quốc, Nhật Bản cũng có nhiều cửa hàng lớn ở Thăng Long.
Nhờ nền kinh tế hàng hóa và sự phát triển của ngoại thương, đô thị Thăng Long bước vào thời kỳ phồn vinh, thu hút thêm nhiều cư dân tới sinh sống. Câu ca Thứ nhất Kinh kỳ, thứ nhì Phố Hiến nói lên sự sầm uất giàu có của thành phố, giai đoạn này còn có tên gọi khác là "Kẻ Chợ". Nhà truyền giáo người Pháp Alexandre de Rhodes ước tính dân số Thăng Long khi đó khoảng 1 triệu người. William Dampier, nhà phiêu lưu người Anh, trong thời gian vài ngày lưu trú tại kinh thành lại đưa ra con số khiêm tốn hơn là khoảng 2 vạn nóc nhà. Con số dân cư hợp lý nhất của Thăng Long - Kẻ Chợ thời điểm này ước tính rơi vào khoảng 300 đến 400 ngàn dân.
Có thể nói, dưới thời Lê Trung hưng, Thăng Long – Kẻ Chợ vẫn giữ vị thế đứng đầu trên tất cả các phương diện chính trị, kinh tế, văn hóa, xã hội tại Đại Việt, và có tác động đến khắp cả vùng Bắc Bộ, trong đó sự chuyển dịch đan xen giữa cái cũ với cái mới, giữa truyền thống và hiện đại, giữa phương Đông và phương Tây bắt đầu lộ diện dưới những dấu hiệu khác nhau trong đời sống chính trị, văn hóa, tư tưởng.
Càng về sau, những vị chúa Trịnh đời sau vừa chuyên quyền, vừa xa đọa, tàn ác nên nhà Tây Sơn đem quân ra đánh dẹp, giúp vua Lê lấy lại thực quyền. Với sự trợ giúp của nhà Tây Sơn, vua Lê, bấy giờ là Lê Chiêu Thống, mới thoát khỏi sự kiềm chế của chúa Trịnh. Để trừ hậu họa, vua Lê Chiêu Thống bèn cho đốt cháy toàn bộ khu Phủ chúa. Khu Phủ chúa rộng lớn, lại có quá nhiều công trình nên lửa bốc lên ngút trời, cháy lan sang cả nhà dân. Đám cháy thiêu trụi một nửa Kinh thành Thăng Long. Đây được coi là vụ hỏa hoạn lớn nhất trong lịch sử Kinh thành Thăng Long. Cả một quần thể kiến trúc nguy nga, lộng lẫy, bề thế của các đời chúa Trịnh sau 10 ngày chìm trong biển lửa đã tan thành tro bụi.
