Nella zona desertica dell'alto Egitto forma un'oasi fluviale larga dai 5 ai 20 km utilizzabile per la coltivazione. A nord del Cairo, si divide in due rami che confluiscono nel Mediterraneo: il Ramo di Rosetta a ovest e il Ramo Damietta a est che danno vita così ad un Delta che si estende su 24.000 kmq di superficie. Da Khartum il corso del Nilo è molto regolare con una scarsissima pendenza, interrotta solo dalle sei cataratte fino ad Assuan, che sono un ostacolo alla navigazione solo nelle acque basse.Il Nilo è stato ed è tuttora utilizzato per il trasporto di merci lungo il suo percorso. Mentre la maggior parte degli egiziani vive ancora nella valle del Nilo, la costruzione della Diga di Assuan (terminata nel 1970 grazie all’aiuto della Russia) per fornire energia idroelettrica, ha interrotto il rinnovo dei terreni fertili ed è diventata una delle cause del progressivo erodersi dell'ampio delta. Essa però assicura costantemente acqua potabile all’Egitto, che nella gestione del fiume si scontra spesso con le esigenze di altri paesi, come Uganda, Sudan, Etiopia e Kenya. La diga è una delle più grandi al mondo e la sua costruzione ha creato il grande lago Nasser che si estende per 5250 kmq, un terzo del quale si trova in territorio sudanese. Altre dighe sono state costruite a Esna, Asyut e nel Delta.
Fino alla costruzione della diga di Assuan le sue annuali piene rendevano il terreno circostante estremamente fertile, permettendo di coltivare grano e altre colture. Inoltre l'introduzione ad opera dei Persiani dei bufali nel VII secolo a.C., che ricercavano ambienti umidi e con presenza di acqua, in aggiunta ai cammelli, rappresentò un'eccellente fonte di carne per le popolazioni limitrofe. I bufali addomesticati potevano essere utilizzati anche per l'aratura, mentre i cammelli come animali da soma.Le sue piene sono abbastanza regolari: iniziano a giugno e arrivano alla portata massima alla fine di settembre, dopodiché regrediscono fino al successivo giugno (gli egizi si erano dati solo tre stagioni divise in quattro mesi ciascuna: estate, autunno e inverno). Questo andamento della piena è causato dalla complessa rete di affluenti che alimenta il fiume, mentre le sostanze fertilizzanti sono portate dai torrenti etiopici che con l'impetuosità delle loro acque erodono i massicci vulcanici asportando le sostanze fertilizzanti.
Nel passato, a causa di queste piene, il livello dell'acqua aumentava di parecchi metri (presso Assuan di 9 metri), e solo i villaggi costruiti su alture non subivano danni. L'acqua del Nilo lasciava nei campi una grande riserva d'acqua oltre ad uno strato di limo molto ricco di sostanze fertilizzanti.
Tutte le tombe dell’antico Egitto sono state costruite a ovest del Nilo, poiché gli Egiziani credevano che, al fine di entrare nell'oltretomba, bisognasse essere sepolti sul lato che simboleggiava la morte.
E’ sicuramente stato questo fenomeno che a indotto le popolazioni a spostarsi progressivamente verso il Nilo. Non è da escludere che i regni preesistenti alla formazione di quello egizio vero e proprio abbiano contribuito non poco alla desertificazione di quell’area, attraverso il disboscamento delle foreste e la loro trasformazione in terreni da pascolo e in legna da ardere.Reperti archeologici fanno risalire la presenza dell’uomo nel Sahara a più di 10000 anni fa, ma le prime popolazioni agricole stabili nella sua valle, dedite all’agricoltura secca, adatte alle aree paludose, si sono formate circa 8000 anni fa. Ancora prima che si diffondesse l’agricoltura (coltivazione di grano e orzo) la valle offriva, lungo le sponde del fiume, selvaggina di grossa taglia (antilopi, rinoceronti, elefanti), mentre le acque erano piene di pesci, e le stesse paludi davano rifugio a molta fauna di uccelli stanziali e migratori.
Le piene annuali del Nilo erano dovute allo scioglimento delle nevi nella zona delle sorgenti dell’Africa equatoriale. Esse portavano grande fertilità, ma anche allagamenti di precedenti coltivazioni, per cui era impossibile potersi insediare stabilmente nei pressi del fiume, almeno non senza prima averlo controllato con appositi bacini e canali, ed è appunto da questa esigenza che nasce la necessità di uno Stato centralizzato (uno dei primi della storia), in grado di garantire la manutenzione costante di quelle strutture da cui dipende la sopravvivenza di tutti.Questa esigenza fece sì che le tribù nilotiche impararono a vivere prima sotto l'autorità di capi locali (fase della formazione dei distretti o nomos). I vari nomos si scontrarono e si allearono tra loro, nell'arco di circa un millennio, fino a formare due regni, l'Alto Egitto a sud (costituito dalla parte meridionale della valle del Nilo, montuoso e poco fertile) e il Basso Egitto a nord (costituito principalmente dal delta del fiume, pianeggiante e molto coltivato).

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