W prawidłowych warunkach, w jelicie cienkim, w porównaniu z jelitem grubym, występuje niewielka ilość bakterii. SIBO to stan w którym dochodzi do nadmiernego namnożenia bakterii. Przerastają tu zarówno bakterie naturalnie kolonizujące jelito cienkie jak i te, które w stanie zdrowia kolonizować powinny przede wszystkim jelito grube. Jelito cienkie nie jest fizjologicznie miejscem bytowania tak dużej ilości bakterii jelitowych, a ich nadmierny rozrost prowadzi do rozwoju szeregu zaburzeń. Są to przede wszystkim problemy ze strony przewodu pokarmowego, takie jak: wzdęcia, biegunki, bóle brzucha (w przypadku SIBO z przerostem bakterii wydzielających metan - również zaparcia). Do pozostałych konsekwencji SIBO i IMO należą także zaburzenia wchłaniania, nadmierna utrata masy ciała oraz niedobory żywieniowe.
