Janusz Kurtyka zginął 10 kwietnia 2010 w wyniku katastrofy polskiego samolotu Tu-154 w Smoleńsku w drodze na obchody 70. rocznicy Zbrodni Katyńskiej. Uroczystości pogrzebowe odbyły się 23 kwietnia 2010 w Krakowie. Msza odprawiona została w Kościele Świętych Apostołów Piotra i Pawła. Janusz Kurtyka został pochowany w Alei Zasłużonych na Cmentarzu Rakowickim w Krakowie.
Film upamiętniający śp. prezesa IPN prof. dr hab. Janusza Kurtykę oraz uroczystości związane z jego pogrzebem został przygotowany przez sekcji notacji Biura Edukacji Publicznej IPN w kwietniu 2010 r.
