Em 1977, Carl Woese propôs um modelo baseado em aspectos evolutivos a partir da comparação de sequências de rRNA. A partir desses estudos, ficou claro que os eucariontes apresentam muitas relações entre si e que os procariontes poderiam ser organizados em dois grupos. Os seres vivos passaram, então, a ser classificados em três subdivisões principais, denominadas de domínios, uma categoria acima de Reino. Os três domínios existentes são: Archaea, Bacteria e Eukarya.

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