La méthode (meta, vers ; odos, chemin) ouvre un chemin de pensée à la lumière de cette science certaine que sont les mathématiques. Un chemin suppose un point de départ et un point d’arrivée. Quel est le point de départ de ce chemin ? Ce ne peut être la pensée, qui en est le terme : c’est le doute. Le doute fait le vide autour de lui, il impose le silence et pousse au désert, au-delà de la pensée. Cet au-delà de la pensée évoque l’Un des néoplatoniciens. Conformément au caractère a priori des mathématiques, Descartes rejette la fiabilité des sens. Il a répertorié pour cela toute une série de raisons. Notons que le doute résulte d’un acte volontaire, non d’une exigence de l’intelligence.
Le point d’arrivée du chemin est l’avènement du Cogito, du Noûs, ou de l’Intellectus. La pensée se révèle à elle-même comme le surgissement de tout ce qui est : le cogito surgit en tant que sum. La pensée coïncide avec l’être - son être - rien ne la précède. Ainsi, le Cogito ergo sum sort du silence et du non-être de l’indétermination pure et nue. Il est comparable à ce coup d’audace dont parle Plotin par lequel le Noûs advient hors de l’Un.
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