Al doilea val de deportari (5-6 iulie 1949) a purtat denumirea conspirativă „IUG” (SUD) și constituie cea mai mare deportare a populației basarabene. La 6 aprilie 1949 este adoptată hotărârea strict secretă Nr. 1290-467cc a Biroului Politic al CC al PC „Cu privire la deportarea de pe teritoriul RSS Moldovenească a chiaburilor, foștilor moșieri, marilor comercianți, complicilor ocupanților germani, persoanelor care au colaborat cu organele poliției germane și românești, a membrilor partidelor politice, a gardiștilor albi, membrilor sectelor ilegale, cât și a familiilor tuturor categoriilor enumerate mai sus”. Hotarârea prevedea deportarea a 11.280 familii care întruneau 40.850 persoane. Aceștea urmau sa fie stramutate pentru totdeauna în regiunile Kazahstanului de Sud, Djambul și Aktiubinsk, precum și regiunile Altai, Kurgan, Tiumen, Tomsk, Irkutsk din Rusia. Cei care au realizat această operațiune sunt general-maiorul Iosif L. Mordovet, general-maiorul Ivan I. Ermolin și colonelul Aleksandr A. Kolotușkin, sub îndrumarea lui Lavrentii Beria și Iosif Stalin.
După datele prezentate de I. Cașu, în timpul operațiunii au fost strămutate 11 606 familii, adică 33 796 de persoane, din care 9 864 bărbați, 14 033 femei, 11 889 copii, care în mare parte alcătuiau elementul social de bază al satelor basarabene. După alte date, prezentate de V. Pasat în cadrul operațiunii au fost expulzate 34 761 persoane.
