A primeira versão de "Secret" chamava-se "Something's Coming Over Me" e foi escrita por Shep Pettibone, produtor do disco Erotica. Ajudada por Dallas Austin, Madonna reescreveu a canção dando-lhe a forma pela qual ela é hoje conhecida. O livreto do álbum "Bedtime Stories" não apresenta Pettibone como co-autor, mas a página oficial de Madonna o faz. Esta versão original nunca foi lançada comercialmente.
"Secret" representou o regresso de Madonna após a era sexual e controversa do disco Erotica e do livro "SEX". É uma balada enigmática, uma vez que Madonna refere que a pessoa de quem gosta possui um segredo, não revelando qual é.
"Secret" foi interpretada por Madonna na "Drowned World Tour" de 2001, tendo Madonna dedicado o tema a todos os que a inspiraram ao longo da sua carreira. A canção foi interpretada com a projeção de um vídeo no qual se mostravam pessoas de várias culturas e religiões e vários momento no ciclo da vida de uma pessoa.
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