A história mostra os esforços de Dr. Fuji com a sua pesquisa de clonagem.

Dr. Fuji perdeu sua filha ainda criança, então ele tenta desesperadamente estudar uma forma de trazê-la novamente a vida, mas seus esforços são inúteis, sem o apoio da esposa que é contra a pesquisa, Dr. Fuji conhece Giovanni, que ao saber da pesquisa já vê planos para sua corporação, então Giovanni resolve financia a pesquisa de Dr. Fuji mas exige que 4 clones sejam criados.

Dr. Fuji consegue dar seguimento a sua pesquisa e faz 5 clones, 4 pokémons e um de sua filha, são eles, Charmandertwo, Squirtletwo, Bulbasaurtwo, Mewtwo e Ambertwo.

Todos ficam em tubos de Cryogenia onde tem suas ondas cerebrais analisadas e percebe-se que graças aos poderes psíquicos de Mewtwo todos estavam se comunicando, graças a imaginação de ambertwo um mundo imaginário se cria onde os 5 vivem felizes, enquanto estão crescendo dentro de cryotubos.

Ambertwo tenta confortar Mewtwo quanto a sua dúvida se ele é um pokémon ou humano, Ambertwo diz a ele que isso não importa, em certo momento um a um os clones vão sumindo o que deixa Mewtwo abalado, restando apenas ele e Ambertwo ele questiona o que estaria acontecendo, mas antes que ela possa explicar que nem ela mesmo sabe, ela começa a desaparecer, então ele em desespero tenta entender para onde ela estava indo, até que Ambertwo diz a ele que estava na hora de darem adeus, Mewtwo chora, suas ondas psíquicas aumentam de poder, um tranquilizante é dado a ele, e ele permanece sedado por anos.

Ao atingir a fase adulta, descobre-se que ele sempre escutou tudo ao seu redor, mas antes ele não sabia o que significavam as vozes e agora sim, ele cresceu na escuridão pois o mundo eram lembranças de Amber e seus três amigos que agora não existiam mais, ele foi o único sobrevivente dos cinco clones, quando ele compreende que era uma experiência, ele acorda e o resto vocês já sabem...

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