Después de lo ocurrido en la instalación Pancaya en el Polo Norte, Adam Jensen vive en un mundo dividido en el que se odia y teme a los humanos aumentados. Haciendo uso de sus influencias, los Iluminati pretenden desprestigiarlos por todo el mundo. Como resultado, los aumentados son confinados a vivir en guetos controlados por las fuerzas de seguridad públicas. Para controlar el orden social, los Iluminati promueven una ley contra los aumentados llamada "La Ley de Restauración Humana". Para asegurar la aprobación de dicha ley, los Iluminati organizan varios ataques terroristas y hacen responsable a los aumentados a través de los medios de comunicación.

Jensen está convencido de que los Iluminati están implicados en los acontecimientos así que se une al "GO29" (Grupo de Operaciones 29), un grupo antiterrorista financiado por la Interpol, para atrapar a los terroristas. Secretamente, Jensen también trabaja con el "Colectivo Jaggernaut", un grupo de piratas informáticos que quiere enfrentar a los Iluminati.

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